1243 yılında Moğollar Kösedağ Savaşı’nda Anadolu Selçuklularını mağlub ederek Sivas, Malatya, Kayseri ve diğer önemli şehirlerini zabt etmiştir.Bu durum da Anadolu Selçuklu Sultanları cizyeye bağlı birer bey haline düşmüşlerdir.
Anadolu Selçuklu Sultanlığının Moğollara bağlı bir beylik haline gelmesiyle Anadolu’da Moğol hakimiyeti başlamıştır.Ancak bu hakimiyetin Çemişgezek için de geçerli olup olmadığı tartışma konusudur.
Şerefname’de Çemişgezek yöresinin Cengiz Han , Timurlenk, Şahruh Mirza ve Türkmen Kara Yusuf gibi büyük fatihler zamanında bile Çemişgezek Hakimlerinin ellerinden çıkmadığı belirtilmektedir.Ancak Çemişgezek’i ellerinden çıkarmama hususu açık değildir.Burada iki ihtimal söz konusudur.
Çemişgezek Hakimleri Moğol Vasallığını kabul ederek vaziyetlerini korumuşlar veya Moğollara karşı koyarak bağımsızlığını sürdürmüşlerdir.Her iki görüşü de destekleyen iddialar mevcuttur.
Bazı kaynaklarda Moğol istilası sırasında birçok aşiretin Dersim’in sarp dağlarına sığınarak kendilerini kurtardıklarını ve zaman zaman Moğolların yollarını keserek öç aldıklarını açıklamaktadır.Ayrıca Hulagu Han zamanın da Doğu Anadoyu’ya yapılan diğer bir seferde aşiretin buraya sığındıklarını, Hulagu Han’ın oğlu ve ilhanlıların Erzincan Valisi Yeşmut’un buraya bir ordu gönderdiği ancak başarılı olamayarak geri çekildikleri belirtilmektedir.
Diğer yandan Kösedağ Savaşı’nda Moğolların galip gelmelerinden sonra Suriye, Doğu ve Güney Anadolu’daki bazı şehir devletlerinin bağımsızlıklarını devam ettirdikleri kaynaklarda belirtilmektedir.Bu da ikinci görüşü desteklemektedir.
Bu görüşlere dayanılarak Çemişgezek hakimlerinin tam bağımsız olarak kaldıkları ileri sürülebilir.Ancak bir memleketin hükümdarı gönül rızasıyla Moğolların emrine girince, Moğollar yazılı bir antlaşma ile memleketlerin idaresini o hükümdara bıraktıkları bilinmektedir.
